On peut établir des parentés en comparant des molécules présentes chez divers organismes. Par exemple, en comparant les molécules d’insuline de différents mammifères, on fait comme si elles se comportaient comme un caractère homologue (ce qui semble vraisemblable). Le plus souvent on utilise des méthodes phénétiques (donc non cladistiques) pour générer un arbre.
Pourquoi ?

Arbre des vertébrés (données moléculaires)

Chemin à suivre dans le logiciel « phylogène » :
 Fichier : ouvrir / molécules/.../vertebrés

Vous pouvez choisir les molécules que vous voulez.

Construire des arbres ; vous pouvez aussi utiliser le bouton options.

Comparez les arbres obtenus entre eux et avec ceux du TP précédent

Si l’hypothèse du transformisme est vraie, on devrait obtenir les mêmes arbres avec des données moléculaires (aujourd’hui) qu’avec des données anatomiques (TP précédent). Vous devriez donc être en mesure d’augmenter votre certitude quant à la validité ou la non-validité de cette hypothèse.

Joker : vous pouvez utiliser Treecon qui lui aussi sait très bien traiter les données moléculaires avec toutes sortes de méthodes phénétiques.

Arbre des primates (données moléculaires)

Avant d’utiliser phylogène imaginez le cladogramme dans lequel on a : homme, macaque, chimpanzé, chat, vache, gorille.

Chemin à suivre dans le logiciel « phylogène » :
 Fichier : ouvrir / molécules/.../primates

Vous pouvez choisir les molécules que vous voulez.

Comparez les arbres obtenus avec votre pronostic ; que constatez vous ? (ou bien, qu’est-ce que le prof a pronostiqué que vous pronostiqueriez ?!)

Il est possible d’utiliser d’autres données que celles fournies au départ avec Phylogène. J’ai mis ici une séquence de cytochrome c oxydase. Elle est au format PIR (à visualiser avec un éditeur de texte, si vous le voulez).

Vous pouvez l’utiliser, mais il faut d’abord l’aligner avec clustalx.

L’arbre obtenu vous semble-t-il conforme à vos attentes ?

Vous pouvez, le cas échéant construire l’arbre avec les mêmes données en utilisant Treecon (cytocoxyase.seq est dans le répertoire TCWDATA) ; cela vous réservera peut-être une petite découverte.

Voir aussi