la cordonnerie
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Site de Jean-Louis Cordonnier. Vous y trouverez de nombreuses préparation de cours et de Travaux pratiques pour les Sciences de la vie et de la Terre en lycée, ainsi que des textes pédagogiques. N’hésitez pas à me me laisser un petit mot (onglet contact)

Logiciels utilisés en classe

Logiciels libres, logiciels de biologie et géologie, Stella, etc.

Article mis en ligne le 6 juin 2007
dernière modification le 17 septembre 2009

par Jean-Louis
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Logiciels non commerciaux utilisés en classe

Logiciels généralistes

Pour ne plus payer, payer, payer, en particulier à Micro$oft, ou bien pirater
(ce qui instaure aussi les logiciels Micro$oft comme standard,
cherchez sur l’excellent site de Framasoft.
Je vous recommande en particulier OpenOffice

pour remplacer Word, Excel, Powerpoint.
Pour les photos, The Gimp. est
très bien. Vous pouvez aussi vous "convertir à Linux, en commençant par les
version Live CD. Je vous conseille
Knoppix
ou si vous voulez une version Live CD avec des logiciels de biologie
Bioknoppix.
Pour une installatin permanente, je vous conseille
KUBUNTU
Il existe de très nombreuses autres distributions sur
Distrowatch

Biologie moléculaire

Le logiciel anagène permet d’analyser, de comparer,
traduire des séquences protidiques ou nucléiques. C’est un logiciel commercial
mais il existe une version
démo

On peut faire la même chose avec
SEQAID.
C’est un logiciel plus ancien
mais très efficace et fourni avec des données.
Voir la documentation.


Phylogène
permet de calculer les arbres phylogénétiques.

Sur le site de l’INRP, vous trouvez les démarches <a href=
"http://www.inrp.fr/biotic/evolut/phylogene/html/demarTS1.htm">
Les relations de parenté au sein des Vertébrés, ainsi que

La place de l’homme au sein des Primates
.
Les autres logiciels de l’INRP.

Utilisateur : phylogene Mot de passe : phylopublic

Le logiciel DOLLOP et tous les autres programmes du package
Phylip,
ainsi que la page de
téléchargement
. Les données (anatofos, anatoglo) utilisées en classe,
ainsi que insuline, primates et autres... sur demande

Pour visualiser les arbres, il faut
treeview,
NJplot ou d’autres
logiciels équivalents. Treeview affiche les arbres multiples de plusieurs façons,
mais pour les phylogrammes (où les distances sont indiquées dans le fichier),
il faut utiliser NJplot.

Autres logiciels utiles :

 DAMBE
qui aligne des séquences, les compare, lit les arbres...

 Baoboab
, un programme écrit en java qui trace les arbres.
Consulter aussi
Phylogeny programs

Le logiciel Treecon qui permet de construire des phénogrammes .

Beaucoup des
données nécessaires pour les TP sur l’évolution

sont rassemblées sur le site de l’INRP. Sinon, il faut chercher sur le site
NCBI = National Center for Biotechnology Information.

Les spécialité SVT pourront travailler
le TP enzyme de restriction avec SEQAID. Des données sont
ici

Visualiser les molécules

RASTOP ou
RASMOL, plus fruste (ce qui est aussi un avantage) qui tourne bien sur de vieux ordis et sous linux.
On peut trouver des données sur le site de l’INRP. Et on trouve tout sur le site de la
Protein Data Bank
. Pour savoir comment faire

Stella

Stella est un logiciel de modélisation. Une version

demo
peut être téléchargée. Pour plus de renseignements, m’écrire par e-mail ou
me voir personnellement.

  • En TS-spé, les modèles du cycle du Carbone.
  • En seconde, la température de la Terre

Liens

Voir aussi sur le site de la faculté de
Jussieu

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